يقوم المنهج الدراسي للمدرسة الإسلامية على عنصرين رئيسين: الأول هو التنشئة على القيم والمبادئ الأخلاقية النابعة من وحي ديننا الإسلامي الحنيف.

  والثاني هو مواكبة العصر الحديث بما فيه من تطور في مختلف الميادين وذلك عن طريق تحقيق الأهداف التالية: 

• تنمية القيم الإسلامية وذلك بالممارسة والمتابعة والتشويق والإقناع بفضلها كونها تشكل نظام حياة متكامل للإنسان. تنمية القدرات الذهنية واستثمارها ، وتوجيهها إلى ممارسة عمليات المشاهدة والبحث والتجريب والتسجيل والاستنتاج ، وتنمية الاتجاه العلمي في التفكير بهدف التجديد والابتكار.

• بث روح التعاون والتآخي بين الطلاب والأساتذة ، وتشجيعهم على المبادرة وحسن التعامل مع الناس ، وتدريبهم على حسن التصرف السليم في المواقف ، والتأمل والتدبر في ملك الله.

• استثمار نشاط الطلاب وحيويتهم في التعلم ، وتنمية القدرات الجسمية بممارسة الرياضات المفيدة ، وإقامة المعسكرات الخارجية ، لتدريب الطالب على الاعتماد على النفس والتعاون من أجل إنجاز ما يكلفون به.

•    
  تنمية الإحساس بالوقت وكيفية استغلاله في النافع والمفيد ، ومسؤولية الإنسان عنه في عباداته و إنجازاته.

•    
  تنمية الحس الاجتماعي والإحساس بالآخرين واحترامهم ومراعاة مشاعرهم وعدم تعارض احتياجات الفرد مع الآخرين ، والعمل بروح الجماعة ، وتنظيم الأدوار وتبادل المواقع والتدريب على فنون الإدارة ، واتخاذ القرار ، وحرية إبداء الرأي واحترام الرأي الآخر والتدريب على آداب الحوار وتنظيم إدارة المناقشات ، والاستعداد للإقناع أو الاقتناع بهدف الوصول إلى الصواب..

• . التدريب على التعامل مع المواقف المختلفة والتطور المستمر ومراعاة العصر، ومواكبة الوسائل الحديثة، والتعرف على كل جديد، والاستعانة به من اجل اكتساب مزيد من الخبرة وتوفير الوقت.